Jest rok 1839. Miasteczko prężnie się rozwija, powstają nowe fabryki sukna. Jednocześnie władze carskie likwidują Unię Brzeską. Do tego momentu przez ponad 100 lat ludność Supraśla uczestniczyła w nabożeństwach w klasztorze, prowadzonym przez Bazylianów. Modlili się w nim unici i katolicy. Teraz klasztor przechodził w ręce cerkwi prawosławnej. Co to oznaczało dla mieszkańców?

Supraślanie zostali pozbawieni miejsca, w którym mogą uczestniczyć w kulcie religijnym. Gromadzono się więc w domach prywatnych, w których nabożeństwa odprawiali duszpasterze z Wasilkowa i Białegostoku. Nie mogło to trwać w nieskończoność, dlatego ludność wybłagała władze carskie o pozwolenie na budowę nowego kościoła. Dzięki wsparciu niemieckich katolików, w 1849 roku takie pozwolenie otrzymano.

Upragnioną świątynię budowano w latach 1861-1863. Tak powstał jednonawowy kościół na planie prostokąta. Kościół p.w. Świętej Trójcy. Historia kazała wiernym czekać aż 5 lat, aby mogli uczestniczyć w nabożeństwach w swojej świątyni. Związane to było z represjami z powodu wybuchu powstania styczniowego – władze carskie nie tylko nie zgadzały się na sprawowanie nabożeństw w kościele, ale wręcz zamierzały go odebrać wiernym. Pomogła interwencja niemieckiego fabrykanta Alfonsa Alta oraz reprezentantów rządów Austrii i Prus w Petersburgu.

Władze carskie zaniechały zamierzeń, ale nie pozwoliły polskim księżom na odprawianie mszy ani sprawowanie nabożeństw w języku polskim. Rodząca się parafia otrzymała duszpasterza z niemieckiej Bawarii. Był nim ksiądz Gustaw Bayen. Nie było mu dane długo piastować tej godności, bo został aresztowany i wydalony z Supraśla. Wstawiał się za prześladowanymi unitami, za co został ukarany.

Następnymi duszpasterzami supraskiego kościoła byli już Polacy.

Supraska świątynia wpierw figurowała jako kaplica, a od 1868 roku – filia parafii Białystok. Pełne prawa parafialne uzyskała w 1906 roku.

W 2005 roku jedna supraska parafia została podzielona i od tej pory mieszkańcy miasteczka uczestniczą w nabożeństwach w dwóch kościołach: p.w. Świętej Trójcy oraz p.w. NMP Królowej Polski.